Endocat tiene como fin, velar por la técnica endoscópica digestiva y para su aplicación en el ser humano en todas sus vertientes posibles, como son la ética, la social, la médico-legal, la organizativa o la humana así como por los intereses profesionales de los médicos endoscopistas que la practican.

Endocat, no trata expresamente aspectos científicos, los cuales ya están dignamente representados en el seno de excelentes sociedades y asociaciones científicas.

Endocat hace un muy especial énfasis, en la vertiente referida al ámbito de las relaciones laborales, especialmente en las relaciones contractuales con entidades de seguro libre y con entidades públicas o privadas relacionadas con ellas.